Ученые обнаружили случаи нового варианта SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, на юге Африки, в Гонконге и Европе. Омикрон (B.1.1.529) имеет беспрецедентно большое количество мутаций в той части своего генома, которая кодирует ключевой участок его белка-шипа, который вирус использует для заражения клеток-хозяев. Это говорит о том, что Omicron может избежать некоторых видов иммунной защиты, обеспечиваемой вакцинами, многие из которых основаны на исходном спайковом белке и прошлых инфекциях.

16 ноября 2021 года в ЮАР ежедневно регистрировалось 136 случаев COVID-19. К 25 ноября 2021 года это число превысило 1200 человек.

Более 80% этих случаев произошло в густонаселенной провинции Гаутенг, в которую входят Йоханнесбург и Претория.

Исследователи подсчитали, что R-значение, которое представляет собой среднее количество новых случаев, вызванных каждой инфекцией, составляло 1,47 для Южной Африки в целом.

Если R больше 1, вспышка будет расти экспоненциально. В провинции Гаутенг R составлял 1,93.

Ученые Центра реагирования на эпидемии и инноваций (CERI) в Стелленбосе, Южная Африка, считают, что появление этих тревожных цифр вызвано новым вариантом вируса, известным как Omicron (B.1.1.529).

Во время пандемии в Южной Африке было три предыдущих пика инфицирования, причем третий был связан с вариантом «Дельта». Последний всплеск совпадает с первым обнаружением Omicron учеными.

Ученые секвенировали около 100 подтвержденных случаев инфекции Омикрон в Южной Африке. Большинство случаев было в Гаутенге.

Новый вариант также присутствует в Ботсване и Гонконге, и ученые подтвердили это в Европе.

Брифинг из Южной Африки

«Главный посыл сегодня состоит в том, что вы должны знать врага, чтобы сражаться», - сказал профессор Тулио де Оливейра, доктор философии. , директор CERI, на виртуальном новостном брифинге 25 ноября 2021 года.

Далее он сказал, что геном варианта содержит «очень необычную совокупность мутаций». Подтверждено или предсказано, что многие из них либо помогут вирусу ускользнуть от иммунной системы, либо увеличат его способность к передаче.

Он сказал, что существует около 50 мутаций во всем геноме вируса и более 30 в той части, которая кодирует его спайк. Это белок, который позволяет вирусу проникать в его клетки-хозяева.

Определенная часть спайка, называемая рецептор-связывающим доменом (RBD), связывается с рецептором, называемым ACE2 в мембране клеток человека.

Проф. Оливейра сказал, что в RBD нового варианта внесено исключительно большое количество изменений.

Антитела, которые связываются с RBD, могут предотвратить заражение вирусом клеток. Таким образом, RBD является важной мишенью для вакцин COVID-19 , которые провоцируют иммунную систему вырабатывать антитела против определенных белковых последовательностей.

По словам профессора Оливейры, у бета-варианта есть три мутации в части RBD своего генома, а у дельта-варианта - две. Однако, по данным Европейского центра профилактики и контроля заболеваний, у Omicron есть 15 мутаций .

Ученые обеспокоены тем, что изменения, вызванные мутациями, могут предотвратить нейтрализацию вируса антителами, которые образуются в результате вакцинации или встречи с более старым вариантом вируса во время инфекции.

Терапевтические антитела

Доктор Ричард Лесселлс, доктор философии. , специалист по инфекционным заболеваниям из Африканского центра исследований здоровья и народонаселения, сообщил на брифинге, что в геноме Omicron есть несколько мутаций, связанных с устойчивостью к нейтрализующим антителам.

К ним относятся не только антитела, полученные в результате вакцинации или естественной инфекции, но и терапевтические моноклональные антитела.

Доктор Лесселлс сказал, что геном Omicron также имеет группу мутаций, связанных с более эффективным проникновением в клетки-хозяева и повышенной трансмиссивностью.

Кроме того, у него есть мутация, связанная с устойчивостью к первой линии защиты организма от недавно обнаруженных патогенов, известной как врожденная иммунная система.

«Все это вызывает у нас некоторую озабоченность, что этот вариант может не только иметь улучшенную трансмиссивность, чтобы распространяться более эффективно, но также может обойти части иммунной системы и защиту, которую мы имеем в нашей иммунной системе», он сказал.

Однако он подчеркнул, что комбинированный эффект мутаций неизвестен. Есть даже вероятность, что Омикрон может вызвать более легкие симптомы, чем предыдущие варианты.

«Мы узнаем по-настоящему, только проведя исследования в лаборатории […]. [T] эта работа уже ведется », - добавил он.

«Мы можем сделать некоторые прогнозы о влиянии мутаций, но их полное значение остается неопределенным, а вакцины остаются важнейшим инструментом для нашей защиты».

- Проф. Тулио де Оливейра, доктор философии.

Вариант беспокойства

26 ноября 2021 г. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ)  обозначила B.1.1.529 как вариант, вызывающий озабоченность, и дала ему название Omicron (15-я буква греческого алфавита).

В течение следующих нескольких дней несколько стран мира ввели дополнительные ограничения для путешественников, возвращающихся из стран юга Африки.

Впоследствии ученые подтвердили несколько случаев заражения вариантом Омикрон в Европе.

Д-р Дэниел Гриффин, доктор философии. , вирусолог из Колумбийского университета в Нью-Йорке, сказал, что количество изменений в варианте Omicron очень велико по сравнению с предыдущими вариантами SARS-CoV-2.

Он предполагает, что новый вариант мог развиться у непривитого человека с ослабленной иммунной системой. Это дало бы вирусу необычно долгое время для адаптации к иммунной системе человека.

«На самом деле неудивительно, что этот вариант сейчас описывается, поскольку у нас по-прежнему остается так много частей мира с низким охватом вакцинацией, что дает вирусу миллионы возможностей для репликации и выбора более подходящих вариантов», - сказал д-р Гриффин. .

«В настоящее время у нас есть ограниченные данные об этом вирусе, но мы можем посмотреть на некоторые изменения белка спайков, и, основываясь на том, что мы знаем об этом вирусе, очень уместно беспокоиться об уклонении от иммунитета и возможностях этого варианта для замены вариант «Дельта» », - добавил он.

По его словам, в ближайшие несколько недель ученые должны будут ответить на следующие важнейшие вопросы:

  • Насколько эффективны различные вакцины против этого варианта?
  • Как это повлияет на частоту повторного заражения?
  • Омикрон уже широко распространился?
  • Какова относительная пригодность Omicron по сравнению с вариантом Delta?


Повышенная проницаемость

Шэрон Пикок, директор Консорциума COVID-19 Genomics UK и профессор общественного здравоохранения и микробиологии Кембриджского университета в Соединенном Королевстве, сообщила Научному медиа-центру в Лондоне, что некоторые изменения в Omicron соответствуют повышенной трансмиссивности.

«Также присутствуют мутации, которые в других вариантах были связаны с уклонением от иммунитета», - пояснила она.

«Но значение многих обнаруженных мутаций и комбинации этих мутаций неизвестны».

Она подчеркнула, что в настоящее время нет данных о том, насколько современные вакцины обеспечат защиту от Omicron.

«Тем временем вакцинация должна продолжаться в ускоренном темпе», - заключила она.